W 1956 roku Polonia dostała zgodę na wyjazd na Węgry, aby rozegrać kilka sparingów. Pierwszy mecz z klubem Torekves Budapeszt polonia przegrała 2:3. Drugi poszedł już lepiej, bo padł remis, a trzeci znowu zakończył się porażką i w spotkaniu czwartym na polskiej ziemi Polonia również przegrała. W 1981 roku Polonia Warszawa zdobyła trzecie miejsce w Pucharze Króla Tajlandii po wgraniu 5 meczów, jednym remisie i dwóch porażkach. Polonia w latach 1954 – 1993 grała na przemian w II i III lidze, ale mimo tego na mecze przychodziło kilkadziesiąt tysięcy kibiców. Gdy funkcję prezesa klubu objął Jerzy Piekarzewski w 1991 roku drużyna awansowała do II ligi, a w sezonie 1992/93 udało się wywalczyć wymarzony awans do ekstraklasy Klub był jednak fatalnie zorganizowany pod względem bazy treningowej i finansowej, więc został zmuszony grać znowu w drugiej lidze, jednak nie trwało to zbyt długo, bo od sezonu 1995/96 warszawiacy znowu mogli podziwiać Polonię na arenach całego kraju w pierwszej lidze. Na Konwiktorskiej pojawił się Janusz Romanowski, który założył spółkę KPP Polonia Warszawa i od tamtego czasu Polonia grała nieustannie do 2005/06 w ekstraklasie. W 1998 roku wicemistrzostwo kraju i w 1999 roku awans do półfinału Pucharu Intertoto były wielkimi sukcesami Czarnych Koszul. W sezonie 1999/2000 od Polonii nikt nie wymagał zbyt wiele, ale Czarne Koszule zostały po raz pierwszy w historii liderem ekstraklasy. Zespół był wtedy prowadzony przez późniejszego szkoleniowca kadry Polski Jerzego Engela i Dariusza Wdowczyka.